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sNuc-seq 使用Nadia 平臺對細胞核轉(zhuǎn)錄組進行高通量分析
時間:2019/6/25 21:54:40 點擊次數(shù):2058
Habib 最近發(fā)表的 “DroNc-Seq” 方法描述了使用細胞核作為整個細胞的代理,以產(chǎn)生數(shù)千個單核轉(zhuǎn)錄組。這可以對不易分離或固定的細胞實現(xiàn)高通量的單細胞測序。與Drop-Seq 方案類似,用單個帶有編碼的珠子同單個核一同封裝在一起(圖1)。珠子的表面分布著含有(dT)30 片段的寡核苷酸,它可以捕獲多腺苷酸化的mRNA,其在乳液破裂后被逆轉(zhuǎn)錄成cDNA。每個珠子除了帶有唯一的barcode 編碼,還帶有不同的UMI 位點識別編碼,不僅可以識別單個細胞或細胞核,還可以識別來自細胞或細胞核的哪個轉(zhuǎn)錄組結(jié)合位點。與Drop-Seq 方案一樣需要作出權(quán)衡,可以使用較稀濃度的細胞核和較高濃度的捕獲珠,降低雙細胞核概率,或者使用較高濃度的細胞核和捕獲珠,提高捕獲效率,但是會增高雙細胞核概率。
